净土宗师资传承，古来异说不一，如今影响最大者，即十三祖说，与三国七祖说。
一、莲宗十三祖：中国现在遵奉的净宗十三祖，是经宋、元、明、清的逐渐推选而形成的。
净宗立祖之说始于宋代，南宋宗晓法师立莲社六祖，即慧远、善导、法照、少康、省常、宗赜。尔后，宋代的志磐法师在《佛祖统记》中，除专叙天台宗外，兼及禅宗、华严、法相、密宗、律宗五宗，而以慧远、善导、承远、法照、少康、延寿、省常为莲社七祖。宗晓、志磐同是天台宗学者，宗晓立莲社六祖，志磐在此基础上略有删增，立为七祖，后人大致依志磐所订。明清莲池大师弟子增推莲池大师为八祖。清道光年间，悟开法师增推蕅益大师为九祖、省庵大师为十祖、彻悟大师为十一祖。民国年间，印光大师改推清初截流大师为十祖，省庵大师、彻悟大师递降为十一、十二祖。印光大师往生后，四众弟子推其为十三祖。此即中国净土宗十三祖的由来。
二、三国七祖：日本净土宗尊善导法脉而别有一净宗祖师谱系，即所谓「三国七祖」说：印度龙树菩萨、天亲菩萨，中国昙鸾大师、道绰大师、善导大师，日本源信大师、法然上人。
中国莲宗所立祖师只局限于本土，而且他们并无法脉上的承传，只是「取异代同修净业，功高德盛者」立为祖师。这种订立祖位与他宗不同，他们并无直接的师承关系，甚至在教义上有迥然之别，各有所宗。日本所订七祖，则与十三祖说有别，此七祖超越时空地域，无一不是「功高德盛者」，而且在教义上同出一流，虽无直接的师承关系（道绰、善导除外），亦可谓一脉相承。这种私承法脉，正是净土宗迥异他宗之处，唯法是依，唯法是从，人人可循，无时空隔碍。
从两国订祖差异中，可窥知两国净土观念上有微细的不同。中国十三祖说具有包容性，以中国唐宋以后，净土宗寓于诸宗，融混齐归理念曾一度为净土法门的主流；此一包容性显示了净土法门的广大无碍。日本净土宗则完全依善导一系法脉订立祖位，突显净宗清净无染的法脉传承，别有宗祖的味道。两种传承，反映了净土宗一体两面：一广大无边，圆收一切。二清净无染，圆超一切。如是互融互摄，并彰一宗法要。